Numerosos estudios han puesto en evidencia que es prácticamente imposible impedir la dispersión del polen de los cultivos transgénicos, evitando totalmente la polinización no deseada de otros cultivo y la contaminación de ecosistemas. En determinadas condiciones climáticas, el polen puede elevarse a gran altura y viajar a grandes distancias, polinizando campos muy distantes.
A pesar de que los cultivos transgénicos ocupan un porcentaje todavía pequeño de la superficie agrícola mundial, han producido ya una alarmante contaminación de los campos, de las semillas e incluso de algunos bancos de germoplasma, convirtiéndose en un problema preocupante. La primera denuncia de contaminación transgénica importante se dio a conocer en noviembre 2001, al descubrirse en zonas remotas de México la existencia de variedades de maíz nativo contaminadas . Este caso es especialmente grave por tratarse del centro de origen y diversidad del maíz, dado que la contaminación genética puede desestabilizar las variedades locales, poniendo en peligro la seguridad alimentaria . Una recopilación de testimonios de agricultores norteamericanos publicada en 2002 ponía en evidencia una contaminación muy extendida y preocupante en EEUU y Canadá . En 2004 un nuevo estudio revelaba que entre el 50% y el 85% de las semillas de variedades convencionales de maíz vendidas en EEUU el año anterior estaban contaminadas por ADN transgénico, habiéndose contaminado también algunos bancos de semillas . También en España se han detectado varios casos de contaminación genética de cultivos ecológicos por maíz transgénico .
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